乙型肝炎病毒(HBV)本身并不致病,它对肝细胞的损伤主要是由免疫反应引起的。机体抗病毒的免疫应答反应在清除HBV的同时，侵入到肝细胞内，致使肝细胞膜的某些成分发生改变，激发机体对自身的肝细胞产生免疫反应，便会引起肝细胞损伤。在严重的肝损害病例中，可见病变累及没有被病毒侵犯的肝细胞，说明自身免疫反应在乙型肝炎的发病机制中有重要的意义。肝细胞浆膜抗原成分可能是肝脏损伤反应的主要靶抗原。目前已知的肝细胞奖膜抗原成分至少有两种：一种是肝细胞膜抗原（LM-Ag），另一种是肝细胞膜特异性脂蛋白（LSP）。乙型肝炎引起的机体免疫反应主要是由T细胞介导的，同时也有其他免疫活性细胞的协同作用。免疫功能正常者，机体对感染乙型肝炎病毒的肝细胞发生一过性的免疫反应，随着病毒被清除，疾病痊愈。多数婴幼儿的免疫功能不能识别病毒（敌人），并对病毒抗原发生反应（消灭敌人），免疫功能与外来的HBV和平共处，便成为乙型肝炎病毒携带者。如果患者的免疫调节功能紊乱，机体不能产生充足作用的抗体（如HBS、抗前S），病毒和引起肝细胞损伤的免疫反应持续存在，致使疾病迁延不愈，这就是慢性肝炎了。如果机体对受染肝细胞产生过强的免疫应答反应，引起大量的肝细胞坏死，肝功能严重受损害，就发展成为重型肝炎。人体的免疫功能在乙型肝炎病毒致癌的机理中也有重要的作用。免疫功能正常时，人体可以清除感染肝炎病毒的肝细胞、变异的肝细胞和衰老凋亡的肝细胞。而乙肝患者可能把病毒的基因误认为自已的基因，“整合”于肝细胞的基因中，形成变异的肝细胞。肝脏在炎症的不断刺激下，肝细胞也可能发生“再生过度”，有一些应该衰老凋亡的细胞还可能由于肝脏炎症的刺激而不凋亡，其免疫功能了识别殖民与清除这些异常细胞的能力，则发生肝细胞的癌变。因此说，机体的免疫状况是决定乙型肝炎病情和预后的重要因素，所以，在乙型肝炎的治疗中，免疫调节治疗占有相当重要的地位。